Ο Άκης Ζήκος γεννήθηκε την 1η Ιουνίου 1974. Ξεκίνησε την επαγγελματική του σταδιοδρομία στην ομάδα της Ξάνθης η οποία τον απέκτησε στην ηλικία των 19 ετών από τον ΑΣ Παπάγου της Αθήνας. Στις 5 σεζόν που παρέμεινε στην Ξάνθη, υπήρξε βασικότατο στέλεχος της μεσαίας γραμμής της έχοντας 121 συμμετοχές και 2 γκολ.

Έπαιξε το πρώτο του παιχνίδι εναντίον του Απόλλωνα Καλαμαριάς στις 29 Αυγούστου 1993 με τον ΑΟΞ να γνωρίζει εντός έδρας ήττα με 2-3 από την Καλαμαριά και τον Ζήκο να μπαίνει στο παιχνίδι στο 64′ στη θέση του Αλεξάντερ Βάσι. Τελευταίος του αγώνας στις 17 Μαΐου 1998 εναντίον της ΑΕΚ εκτός έδρας με τον Ζήκο να αγωνίζεται ως αλλαγή στη θέση του Παρασκευά Άντζα.

Το καλοκαίρι του 1998 μεταγράφηκε στην ΑΕΚ, ενώ έγινε ο πρώτος Έλληνας παίκτης που μετείχε σε έναν τελικό Champions League (το 2004 κόντρα στην Πόρτο ως ποδοσφαιριστής της Μονακό).