Ο Παναθηναικός είναι μια ομάδα που παραδοσιακά τα έβρισκε “σκούρα” στην Ξάνθη. Παρά ταύτα δυο σερί νικών που έχει “χτίσει” στο παρελθόν στην πόλη της Θράκης είναι η αιτία που αριθμητικά υπερέχει. 2008-2009 μέχρι το 2012-2013 πέντε νίκης και…1999-2000 μέχρι 2001-2002 σερί τριών νικών. Αυτά τα οκτώ τρίποντα κάνουν και την διαφορά στην παράδοση των “Πρασίνων” απέναντι στην Ξάνθη που έχει κάνει μερικές υπέροχες “κηδείες” με εντυπωσιακά αποτελέσματα.
Σίγουρα πιο σημαντική για την ιστορία της ήταν αυτή της σεζόν 2013-2014, τελευταία αγωνιστική, μπροστά σε 7.500 φιλάθλους της η Ξάνθη επικράτησε 3-1 του Παναθηναικού και πήγε στα μπαράζ σωτηρίας όπου αντιμετώπισε τον Ολυμπιακό Βόλου στο Χαριλάου, ματς με το οποίο διατηρεί μέχρι και σήμερα την θέση της στην Κατηγορία.
Από κει και πέρα όμως υπάρχει το εμβληματικό 4-2 στις 18/12/2014 (φώτο) με απίστευτο ποδόσφαιρο από τους Ξανθιώτες και…σόου Κλέιτον ή το χατ-τρικ του Τόμας Ραζίντσκι την σεζόν 2007-2008 , με την Ξάνθη να κερδίζει 3-2. Μπαικαρά και Λουτσιάνο “σπάγανε” μέσες την σεζόν 2005-2006 (3-1 ) , ενώ τα πρώτα χρόνια της στην Κατηγορία έχουμε να θυμόμαστε το…σόου των Μαρτσέλο-Τζάτζου-Σάντρο-Βρύζα-Αθανασιάδη, με εκκωφαντικές νίκες .
Συνολικά για το πρωτάθλημα, εννέα νίκες η Ξάνθη, πέντε ματς ισόπαλα, 13 φορές νίκησε ο Παναθηναικός. 34-40 τα τέρματα υπέρ του Παναθηναικού .